曾經(jīng)不重視對水環(huán)境監(jiān)測的力度，沒有建立完整可行的一套體制，缺乏廣泛性，對水質(zhì)管理的預(yù)防措施不明顯，只有出問題了才采取監(jiān)管，這些都是流域水環(huán)境監(jiān)測過程中遇到的主要的問題。

1、監(jiān)測體制問題

沒有完善的流域水環(huán)境監(jiān)測體制，導(dǎo)致水環(huán)境監(jiān)測遇到很多問題。水環(huán)境監(jiān)測部門屬于政府機(jī)構(gòu)，但是政府機(jī)構(gòu)中涉及水環(huán)境監(jiān)管的部門比較多，由此出現(xiàn)很多部門同時管理的情況，降低了工作效率。有時在處理問題要受到其他部門的干涉，導(dǎo)致工作難以順利穩(wěn)定的進(jìn)行，甚至在出現(xiàn)水環(huán)境污染的事件后，相互推卸責(zé)任，因此出現(xiàn)了職能不明等情況，這對控制水環(huán)境的污染以及出現(xiàn)污染后的治理情況很不利。

2、采樣過程中的技術(shù)問題

在樣品采集過程中，采樣斷面與采樣點位的布設(shè)、樣品采集頻率與方法的確定、樣品采集后的預(yù)處理、樣品裝置容器的選取與洗滌、樣品保存與運輸?shù)燃夹g(shù)如果把握不當(dāng)，就容易出現(xiàn)問題，對樣品的代表性與完整性產(chǎn)生基礎(chǔ)性的影響。例如：在測定含油水域中，為測定水中乳化狀態(tài)與溶解性油采樣時，沒有避開漂浮在水表面的油膜。

3、過于統(tǒng)一的標(biāo)準(zhǔn)

沒有結(jié)合各個地區(qū)的特色出臺相應(yīng)的管理標(biāo)準(zhǔn)，因為每個地區(qū)的監(jiān)測環(huán)境都不相同，而且監(jiān)測內(nèi)容差之間的差別也很大，用同一套方法，顯然是不適合的。制定的監(jiān)測方案只有結(jié)合地區(qū)的特點，才能解決好不同區(qū)域出現(xiàn)的水環(huán)境污染問題。而且匱乏的監(jiān)督評估機(jī)制，造成我國按照地方分別管理的水環(huán)境監(jiān)管部門的工作效率極低，并且地方性管理的制度與實際情況脫節(jié)，不合乎現(xiàn)狀。所以，由水環(huán)境監(jiān)測部門統(tǒng)一部署就成了一個最佳選擇。

4、分析儀器及試劑的問題

在分析儀器方面，如果儀器的測量范圍不夠大，靈敏性較低，在測量樣品時，其測量準(zhǔn)確度就會較低，誤差較大。在試劑方面，如果使用的試劑純度精度達(dá)不到要求時或所使用的純水的純度達(dá)不到要求，都將會導(dǎo)致配制的試劑存在濃度誤差。例如，高錳酸鉀、鹽酸羥胺、蒸餾水等試劑往往會含有痕量汞，會導(dǎo)致空白偏高，對其凈化處理不當(dāng)會造成引入誤差。